由于醫療廢物具有全空間污染，急性傳染和潛伏性污染等特征，其所含有的微生物的危害性是普通生活廢物的幾十、幾百甚至上千倍，如處理不當，會成為醫院感染和社會環境公害源，更嚴重可成為疾病流行的源頭。醫療廢物中含有不同程度的細菌、病毒和有害物質。而且廢物中的有機物不僅滋生蚊蠅造成疾病的傳播，并且在腐敗分解時釋放出的氨氣(NH3)、硫化氫(H2S)等惡臭氣體，生成多種有害物質，污染大氣，危害人體健康；同時也是造成醫院內交叉感染和空氣污染的主要原因，由醫療廢物引起的交叉感染占社會交叉感染率的20%。

污染環境

暴露在外未處理的醫療垃圾：醫療垃圾對大氣、地下水、地表水、土壤等均有污染作用。垃圾露天堆放，造成大量氨氣、硫化物等有害氣體的釋放，嚴重污染大氣，其中垃圾分解散發的多氯聯苯、二惡英等，均是致癌物。醫療垃圾攜帶的病原體、重金屬和有機污染物經雨水和生物水解產生的滲濾液作用，可對地表水和地下水造成嚴重污染。垃圾滲濾液中的重金屬在降雨的淋溶沖刷作用下進入土壤，導致土壤重金屬累積和污染。對醫療垃圾處理不當還可對環境造成二次污染。

人體健康

醫療垃圾中有許多致病微生物，又往往是蚊、蠅、蟑螂和老鼠的繁殖地。這些病菌可以通過在垃圾中生活的生物，轉移給人類。醫療垃圾中還可能存在化學污染物及放射性等有害物質，具有極大的危險性。若對直接暴露于醫療垃圾的從業人員的管理與培訓不是很嚴格，可能還會造成更多的危害。有些人將大量病人使用過的輸液器、塑料便盆等賣給塑料加工廠生產生活日用品，并進入超市賣掉。藥販廉價收購百姓手中的過期藥品，經過修改批號、重新包裝后，再次出手牟利。有人將使用過的一次性醫療器具私下賣給個體商販，加工包裝后賣給一些個體診所再次使用。